Atelier Grands Graphes et Bioinformatique
Abstract
Le groupe de travail d'EGC Grands Graphes et Bioinformatique se réunit pour la
deuxième fois dans le cadre des ateliers de la conférence EGC.
L'objectif de cet atelier est de réunir des chercheurs venant de plusieurs disciplines
et s'intéressant au lien entre fouille de grands graphes et bioinformatique. De nombreux problèmes de biologie cellulaire reposent en eet sur des réseaux (similarité
de séquences, interactions entre protéines, régulation entre gènes...) et les avancées
technologiques actuelles rendent ces objets de plus en plus grands. L'étude de tels
réseaux nécessite une étroite collaboration entre informaticiens, bioinformaticiens,
mathématiciens et biologistes.
Les contributions de l'atelier 2016 illustrent en particulier deux grandes questions
qui se posent actuellement à la communauté de bioinformatique au vu de l'aux
de données de type omics. La première est l'inférence du réseau d'intérêt, qu'il soit
de type transcriptomique ou métabolique. Trois des contributions utilisent une telle
étape avant de pousser leurs analyses et on peut voir qu'il n'y a pas consensus sur
la manière d'aborder le problème. La seconde question au coeur de cet atelier est
la manière d'extraire de la connaissance de ces réseaux, que ce soit en comparant
diérents réseaux entre eux ou en étant simplement capable de les visualiser de façon
plus pertinente.
Nous tenons à remercier les auteurs pour la qualité de leurs contributions, ainsi
que les comités de programme et d'organisation d'EGC qui ont permis à cet atelier
de voir le jour.
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